De Röda Khmererna försvann in i djungeln när Pol Pot regeringen störtades av Vietnameserna 1979. Gerillan bojkottade sedan valen 1993 och bröt mot fredsförhandlingarna som skulle skapa ett eldupphör mellan parterna. Efter en tid valde ca 2000 personer i gerillan att hoppa av vilket gav hopp om att konflikten skulle minska. Men man tvingade avhopparna att nu istället slåss mot sina gamla kamrater vilket ledde till att konflikten ökade. 1994 valde de Röda Khmererna en ny taktik som riktade sig mot turister. Denna taktik var förödande för de turister som hamnade i Röda Khmerernas grepp. Detta ledde till att även regeringen ändrade sin taktik till en mer lindrig.
1996 fördömde Pol Pot broder nummer 3 i de röda khmererna hierarki Leng Sary, för korruption. Han ledde därefter flera avhopp av soldater och deras anhöriga från Pailin området. Denna del av landet är rik på ädelstenar och timmer vilket länge hade varit den ekonomiska hjälpen som höll de Röda Khmererna kvar. Detta i kombination med att regeringen nu bara behövde skydda en front visade på att inbördeskriget höll på att nå sitt slut.
1997 beordrade Pol Pot en avrättning av Son Sen, försvarsministern i Röda Khmerernas regim, och många av hans familjemedlemmar. Detta ledde till en kupp inom Röda Khmererna ledarskap, och Ta Mok tog kontroll. Pol Pot avled sedan 1998 i Röda Khmerernas fångenskap.
1998 var det även ett val som visade att CPP (Cambodia People Party) nu var den dominerande kraften i det kambodjanska politiska systemet. Det internationella samfundet började öka på trycket och man inrättade en form av krigsförbrytartribunal för att ställa de återstående Röda Khmererna inför rätta. Denna rättegång administrerades av FN vilket gav blandade känslor inom CPP. Samtidigt som FN tvivlade på att rättsväsendet i Kambodja var sofistikerat och opartiskt nog att själva kunna övervaka en så stor rättegång. Då båda sidor kände misstro till varandra blev kompromissen en blandad skiljedomstol bestående av tre internationella och fyra kambodjanska domare. Sedan skulle det krävas en majoritet av två plus tre för att en dom skulle kunna beslutas.
2002 var första gången som ett riktigt val hölls vilket visade på att en demokrati började ta form. CPP fortsatte ha den politiska makten på lokal och regional nivå och endast med kollektivets val skulle detta grepp lossas. De nationella valen i juli 2003 utgjorde dock en förskjutning i maktbalansen. Man kom då överens om en kompromiss i politiken då två partier gick samman för att politiken skulle bli så bra som möjligt med en enad front.
